変異株

教材としての新型コロナウイルス情報サイト

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７．変異株　　　概要版はこちら
　ＲＮＡウイルスは変異しやすいと言われている。新型コロナウイルスの場合も当初からいろいろな変異株（Variant）が発見されてきたが、特に、スパイクタンパク質に関する遺伝子の変異は「感染力」に深く関わっているので注目されて、主なものに、デルタ株、オミクロン株などのギリシャ文字の名称がつけられている。この場合の「変異」は、侵入した細胞内でのＲＮＡの複製段階で起こるもので、塩基の変化によって対応するアミノ酸が変化してタンパク質の立体構造が変わることになる。この部分は「遺伝子の発現」の教材となり得る。新型コロナウイルスは修復酵素を持っているが、それでも一定の割合で変異は起こる。
●印は「概要版」掲載のもの、それ以外は追加情報

●１．新型コロナウイルス変異株とは
　　　日本医学臨床検査研究所のホームページ。変異株全般についての説明。
　　　https://www.jcl.co.jp/covheni
●２．スパイクタンパク質とACE2・抗体の結合状態の立体構造［Ｓ］
　　　Cryo-electron microscopy structures of the N501Y SARS-CoV-2 spike protein
　　　in complex with ACE2 and 2 potent neutralizing antibodies
　　　PLOS Biology 　Research Article | published 29 Apr 2021
　　　https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001237
　　　https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.3001237
●３．SARS-CoV-2 変異［Ｓ］
　　　Observation Island　第一三共株式会社所属の大島康雄氏（内科医）ブログ
　　　（所属はブログの記載）
　　　https://plaza.umin.ac.jp/~OIO/blog/2021/05/08/sars-cov-2-%e5%a4%89%e7%95%b0/
●４．変異株の系統樹［Ｓ］
　　　ミュー株より前の系統を図示したもの
　　　VOLVING THREAT－New variants have changed the face of the pandemic.
　　　What will the virus do next?
　　　　https://www.science.org/content/article/new-sars-cov-2-variants-have-changed-pandemic-what-will-virus-do-next
●５．各変異株の詳細［Ｓ］
　　　各変異株について、具体的にどこが変異しているかが分かるサイト
　　　https://outbreak.info/situation-reports#voc
　６．「免疫逃避型変異（E484K 変異）を有する海外（カナダ）系統株の
　　　新たな市中感染事例を確認」［Ｉ］
　　　東京医科歯科大学　2月18日プレス通知資料
　　　https://www.tmd.ac.jp/archive-tmdu/kouhou/20210218-1.pdf
　７．感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される新型コロナウイルス
　　　（SARS-CoV-2）の新規変異株について（第８報）［Ｉ］　　　更新中
　　　感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念される新型コロナウイルス
　　　（SARS-CoV-2）の新規変異株
　　　国立感染症研究所　2021.3.3
　　　https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/
　　　10220-covid19-36.html
　８．新型コロナウイルスSARS-CoV-2 Spikeタンパク質 E484K変異を有する
　　　B.1.1.316系統の国内流入　ゲノムネットワーク図［Ｉ］
　　　国立感染症研究所　20212.2
　　　https://www.niid.go.jp/niid/images/iasr/2021/3/483p02f01.gif
　９．SARS-CoV-2 Variants ¦ UK + South African + Brazil Variants
　　(英語字幕あり43分）［Ｎ］
　　　NINJA NERD MEDICINE is creating Educational You Tube Videos
　　　https://www.youtube.com/watch?v=OYgVmOLF2mY
　１０．コロナ変異株の検出率、38.8％に上昇の意味［Ｎ］
　　　日経メディカル　2021/03/16
　　　https://medical.nikkeibp.co.jp/leaf/mem/pub/series/miwa/202103/569488.html
　１１．新型コロナウイルスSARS-CoV-2のゲノム上の変異が重症化と関連　［Ｓ］
　　　スパイクタンパク質以外の部分でも変異は起こっているという例
　　　公益財団法人東京都医学総合研究所
　　　https://www.igakuken.or.jp/r-info/covid-19-info19.html
　１２．Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling　｛Ｕ｝
　　　（新型コロナウイルスのゲノム疫学 - グローバルサブサンプリング）
　　　変異の過程や広がり方を視覚的に追いかけられるようになっている。
　　　https://nextstrain.org/ncov/global
　１３．PANGO系統とは？もっと知りたいコロナ変異株の命名ルール［Ｓ］
　　　「デルタ株」などのほかに「B.1.617.2」という言い方もある。この命名法について解説
　　　https://iimono.town/topic/life/86984/

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